les grandes questions des six derniers mois étaient de savoir d’où vient le sras – c o v -2, le virus qui cause la covid-19. On pense que la réponse concerne les chauves-souris, car elles hébergent une variété de virus semblables au sras . Le Yunnan, l’une des provinces les plus au sud de la Chine, a attiré l’attention des chasseurs de virus, car les parents les plus proches connus du sras – c o v -2 s’y trouvent. Mais certains pensent que les origines du virus ne se trouvent pas du tout en Chine, mais plutôt juste de l’autre côté de la frontière au Myanmar, au Laos ou au Vietnam.

C’est l’intuition de Peter Daszak, chef d’EcoHealth Alliance, une organisation qui recherche les animaux porteurs de maladies qui se déplacent chez les humains. Depuis l’épidémie, en 2003, du sras original (maintenant connu sous le nom de sras – c o v ), les scientifiques ont porté une attention particulière aux coronavirus. Le Dr Daszak dit qu’environ 16 000 chauves-souris ont été échantillonnées et qu’une centaine de nouveaux virus de type sras ont été découverts. En particulier, certaines chauves-souris trouvées en Chine sont désormais connues pour héberger des coronavirus qui semblent pré-adaptés pour infecter les personnes. Les hôtes chiroptères de ces virus ont des versions d’une protéine appelée ace 2 qui ressemblent étroitement à l’équivalent chez l’homme. Cette molécule est utilisée par le sras-comme des virus comme point d’entrée dans une cellule.

Le fait qu’une telle diversité virologique n’ait jusqu’à présent été trouvée qu’en Chine est dû au fait que peu de gens ont examiné les chauves-souris dans les pays de l’autre côté de la frontière. Pourtant, ces endroits sont susceptibles d’être un point chaud évolutif pour les coronavirus – un point qui reflète la diversité des chauves-souris (voir carte). Les chauves-souris fer à cheval du Yunnan qui abritent des parents proches du sras – c o v -2 se trouvent dans toute la région. D’autres pays sont donc susceptibles d’avoir des chauves-souris avec des éléments de base viraux similaires. Le Dr Daszak estime qu’il est «très probable que les chauves-souris du Myanmar, du Laos et du Vietnam soient porteuses de coronavirus similaires liés au SRAS, peut-être une grande diversité d’entre eux, et que certains d’entre eux pourraient être proches du sras – c o v -2».

Rien de tout cela, cependant, n’explique comment un virus dont l’ancêtre peut être trouvé chez des chauves-souris d’Asie du Sud-Est a déclenché une pandémie depuis le centre de la Chine. Le gouvernement chinois a accepté qu’une mission dirigée par l’Organisation mondiale de la santé ( oms ) puisse se rendre plus tard cette année pour aider à répondre à cette question. On s’intéresse particulièrement à la quantité d’échantillons qui a été réalisée pour rechercher le chaînon manquant dans des endroits comme le marché de la faune à Wuhan (le premier centre connu de l’épidémie) et plus généralement chez les agriculteurs, les commerçants et d’éventuelles espèces intermédiaires ou hôtes.

Jeremy Farrar, le chef du Wellcome Trust, une grande organisation caritative de recherche médicale et ancien professeur de médecine tropicale, dit qu’il suppose que le sras – c o v-2 ou quelque chose de similaire circule chez des personnes dans certaines parties de l’Asie du Sud-Est et du sud de la Chine, probablement depuis de nombreuses années, et ces hôtes intermédiaires n’ont pas encore été identifiés. Le Dr Farrar a passé 18 ans à travailler au Vietnam à la tête d’une unité de recherche de l’Université d’Oxford. Il dit que les gens recherchent des chauves-souris pour se nourrir et les vendent sur les marchés dans ce qui est un commerce sophistiqué qui peut se retrouver dans de grandes villes comme Wuhan. Les chauves-souris sont capables de transporter une grande diversité de virus sans tomber malades et sont également plus mobiles que les gens ne le pensent. Comme il le dit, les chauves-souris «se rassemblent dans d’immenses colonies et font caca partout. Et puis d’autres mammifères vivent de ce caca et agissent ensuite comme un récipient de mélange pour ce type de virus.

Le soutien à l’idée que quelque chose ressemblant au sras – c o v -2 aurait pu circuler dans la région avant le début de la pandémie vient également d’une autre observation intrigante: la faible incidence du covid-19 en Asie du Sud-Est, en particulier au Vietnam. John Bell, professeur de médecine à l’Université d’Oxford, dit que tout le monde pensait qu’il y aurait un flot de cas au Vietnam parce que le pays est juste de l’autre côté de la frontière avec la Chine. Pourtant, le Vietnam n’a signalé que 300 habitants sur une population de 100 millions et aucun décès. Le pays n’avait pas non plus un grand verrouillage, ajoute-t-il. Personne ne pouvait comprendre ce qui se passait.

Une explication, suggère-t-il, est que la population du Vietnam n’est pas aussi «naïve» sur le plan immunologique qu’on le suppose. La circulation d’autres virus semblables au sras aurait pu conférer une immunité généralisée à ces agents pathogènes. Donc, si une nouvelle émergence dans la région, elle n’a pu s’implanter dans la population humaine que lorsqu’elle a voyagé jusqu’au centre de la Chine – où les gens n’avaient pas cette résistance naturelle.

Cela serait lié à l’idée que l’infection par un coronavirus peut fournir une protection contre d’autres, et que même dans les pays éloignés du chaudron évolutif de l’Asie du Sud-Est, une partie de la population peut avoir une certaine protection contre la pandémie actuelle. En particulier, il est suggéré que la protection pourrait être conférée principalement via une partie du système immunitaire appelée cellules t (qui fonctionnent en tuant les cellules infectées par le virus) plutôt que via des anticorps (qui agissent en gommant les agents pathogènes). Si tel est le cas, les études sérologiques portant sur les anticorps peuvent sous-estimer l’immunité naturelle.

Sunetra Gupta, épidémiologiste à Oxford, soutient que l’immunité naturelle contre le covid-19 est conférée par des infections à coronavirus saisonniers. Si cela est correct, cela a des implications sur le niveau de vaccination nécessaire pour atteindre l’immunité du troupeau. Il est largement admis que plus de 50% des personnes doivent être vaccinées pour éviter une résurgence du sras – c o v -2. Dans un pré-imprimé publié le 15 juillet, le Dr Gupta dit que ce chiffre pourrait être beaucoup plus bas si une partie importante de la population est déjà résistante à l’infection.

Quant au mystère de l’origine du covid-19, d’autres réponses viendront lorsque la mission de l’ oms aura lieu, peut-être en août. Les étapes critiques qui ont conduit un virus de la chauve-souris d’Asie du Sud-Est à déclencher une pandémie auraient pu se produire à l’intérieur ou à l’extérieur de la Chine, que ce soit sur les marchés ou les fermes d’animaux sauvages, ou chez les commerçants ou les chasseurs. Le virus peut avoir sauté directement des chauves-souris dans les humains, ou provenir d’une espèce intermédiaire. L’histoire attend d’être racontée. ■

https://www.economist.com/science-and-technology/2020/07/22/the-hunt-for-the-origins-of-sars-cov-2-will-look-beyond-china